Elevada sensibilidad:

Detectan al microorganismo en una muestra, incluso si está presente en niveles muy bajos y desde muy pequeños volúmenes de muestra

Alta especificidad:

Detectan una secuencia genética única del patógeno, incluso se pueden diferenciar especies o cepas relacionadas

No tienen reactividad cruzada

No dependen de la respuesta inmune, pudiendo detectar infecciones tempranas y tardías